KŞK’nın araştırma birimi, olası gömü alanlarını kazılmak üzere tespit etmek amacıyla bilgi ve veri toplama ile analiz etmeden sorumludur. Hem Kıbrıs Rum hem de Kıbrıs Türk toplumlarından oluşan KŞK ekipleri araştırmanın tamamını katı bir gizlilik ilkesi çerçevesinde yürütürler.

Çeşitli kaynaklardan veri toplanır ve bunlara uydu görüntüsü, jeofiziksel veriler, insansız hava aracı, Coğrafi Bilgi Sistemleri (GIS) ve Küresel Uydu Seyrüsefer Sistemi (GNSS) gibi çeşitli teknolojiler tatbik edilir. Araştırmacılar bellek artırıcı ve kognitif mülakat tekniklerini kullanarak aile mensupları ve tanıklarla görüşürler. 1963-1964 ile 1974 olayları hakkında bilgisi olabilecek olan her iki toplumdan birincil ve ikincil tanıklar ve hatta bazı durumlarda duyum ve bilgi sahiplerine danışılır. Araştırma birimi aynı zamanda, KŞK arşiv araştırma ekibi tarafından arşiv materyallerinden elde edilen bilgilerden de yararlanır.