Οι ανασκαφές αποτελούν ένα αναπόσπαστο μέρος του έργου της ΔΕΑ από το 2006 και διεξάγονται σε ολόκληρο το νησί από περισσότερους από 50 Κύπριους αρχαιολόγους που εργάζονται σε δικοινοτικές δικανικές ομάδες. Οι αρχαιολόγοι στις εκταφές εφαρμόζουν συνήθεις αρχαιολογικές τεχνικές και μεθοδολογίες, καθώς και νέα τεχνολογικά εργαλεία όπως τεχνικές γεώτρησης με την μέθοδο βαρέλας.

Αφού εντοπιστεί ένα πιθανό σημείο ταφής, οι αρχαιολόγοι αρχίζουν να αναζητούν τυχόν λείψανα ενός ατόμου που δύναται να αγνοείται και, εάν αυτό είναι επιτυχές, ξεκινούν με την εκταφή των λειψάνων.