Η ΔΕΑ συστάθηκε τον Απρίλιο του 1981, κατόπιν συμφωνίας μεταξύ της Ελληνοκυπριακής και της Τουρκοκυπριακής κοινότητας υπό την αιγίδα των Ηνωμένων Εθνών. Κατά τις επόμενες δύο δεκαετίες, το έργο και στις δύο πλευρές επικεντρώθηκε στις έρευνες για την εξακρίβωση της τύχης των αγνοουμένων καθώς και στην διαπραγμάτευση ενός κοινού επίσημου καταλόγου όλων των αγνοουμένων. Επίσης συλλέχτηκαν δείγματα αίματος από τους συγγενείς με σκοπό να βοηθήσουν τις μελλοντικές ταυτοποιήσεις. Το 1997, οι ηγέτες των δύο κοινοτήτων συμφώνησαν να παραχωρήσει η μία πλευρά στην άλλη, άμεσα και ταυτόχρονα , όλες τις πληροφορίες που βρίσκονταν στην διάθεση τους όσον αφορά τους χώρους ταφής των Ελληνοκύπριων και Τουρκοκύπριων αγνοουμένων.

Το 2006, το κλίμα ήταν πλέον ώριμο ώστε η ΔΕΑ να ξεκινήσει ανασκαφές και εκταφές και στις δύο πλευρές του νησιού. Προκειμένου να εξασφαλιστεί η απαιτούμενη τεχνογνωσία, αρχαιολόγοι και ανθρωπολόγοι της Δικανικής Ανθρωπολογικής Ομάδας της Αργεντινής (EAAF) ήρθαν με σκοπό να συντονίσουν και να εκπαιδεύσουν τη δικοινοτική ομάδα Κύπριων επιστημόνων που θα πραγματοποιούσε τις εκταφές και τις ανθρωπολογικές αναλύσεις. Επίσης δημιουργήθηκε το Ανθρωπολογικό Εργαστήριο στην προστατευόμενη από τα Ηνωμένα Έθνη περιοχή της Λευκωσίας.

Από το 2008, η Δικοινοτική Δικανική Ομάδα της ΔΕΑ διενεργεί εκταφές αυτόνομα (μέχρι και 8 ομάδες στα βόρεια και 2 ομάδες στα νότια). Οι δικανικοί επιστήμονες της Δικανικής Ανθρωπολογικής Ομάδας της Αργεντινής συνεχίζουν να δραστηριοποιούνται στο πρόγραμμα της ΔΕΑ για σκοπούς ποιοτικού ελέγχου.